Байгаль орчны сайдын 2006 оны 04 дүгээр сарын 13-ны өдрийн 93 тоот тушаалаар Байгаль орчны шинжилгээний төв лаборатори, Багаж хэмжилзүйн төвийг нэгтгэн Байгаль орчин хэмжилзүйн төв лаборатори болгон зохион байгуулсан. Байгаль орчны шинжилгээний төв лаборатори /БОШТЛ/ нь 1976 онд орчны бохирдлыг хянах хэлтэс/ОБХХ/ нэртэйгээр анх байгуулагдаж улмаар 1978 оны 7-р сараас бүтэц зохион байгуулалтын өөрчлөлтөөр УЦУШИ-н харьяа Байгаль орчны бохирдлын судалгааны лаборатори гэж нэрлэх болсон. 1987 он 6 сард БОБСЛ-ийг Байгаль орчны шинжилгээний төв лаборатори болгон зохион байгуулж мөн оны 12-р сараас БОХЯ-ны харьяа, санхүү зохион байгуулалтын хувьд бие даасан нэгж болсон.
Багаж хэмжилзүйн лаборатори нь ус, цаг уурын багажыг засварлах, шалгах ажил Монгол улсад ус, цаг уурын шинжилгээний ажлыг нэгдмэл байдлаар явуулах болсон, тухайлбал ЗХУ өөрийн хүч хөрөнгөөр тус улсын нутаг дэвсгэр дээр 1936 оноос ус, цаг уурын өртөөдийг байгуулж, тэдгээрийн багаж, төхөөрөмжийн найдвартай ажиллагаа, хэмжилт, ажиглалтын аргачлалын мөрдөлтөд хяналт тавьж эхэлсэн тэр үеээс үүдэлтэй хэмээн үзэж болно. БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн 1968 оны 247 тогтоолоор ус, цаг уурын шинжилгээний багаж хэрэгслийг шалган засварлах тасгийг УЦУШИ-н харьяанд байгуулж, улмаар 1969 оны 12-р сард Багаж хэрэгслийг шалган засварлах товчоо болгон өргөтгөсөн.
1987 оны УЦУАУЕГ-ын бүтэц зохион байгуулалтын өөрчлөлтөөр БХШЗТ-ийг Багаж үйлдвэрлэл, хэмжилзүйн товчоо болгон цаг уур, ус судлал, аэрологи, цаг уурын автомат ба зайд хэмжих төхөөрөмж, цаг уурын холбоо, үйлдвэрлэл механикийн хэсгүүдтэй, 24 орон тоотой ажиллуулахаар зохион байгуулж, бие даан хөрөнгө, төсөвөө захиран зарцуулах эрх олгожээ.